La historia sigue a Otonashi, un adolescente que tras morir despierta en el patio de un gigantesco colegio y sin recordar nada sobre su vida excepto su apellido. Al despertar encuentra a su lado a una chica llamada Yuri quien le explica que ya esta muerto, ese lugar es el Otro Mundo y lo invita a unirse a la Shinda Sekai Sensen (SSS) o Frente de Batalla contra el Cielo (Nombre en turno), una organización que ella fundó y dirige para poder luchar contra Dios y encontrar una solución lógica a su ya ilógica existencia en ese mundo —el lugar donde ocurre la serie es una contraparte del purgatorio, mientras que en el purgatorio uno paga sus pecados, en este lugar se cumplen los deseos inconclusos—.
Este mundo esta compuesto por una típica escuela publica con unas grandes instalaciones deportivas, además; aquí las personas no pueden morir, si lo hacen simplemente reviven. Los miembros de SSS con memorias de la vida tienen como su único enemigo en la escuela a la presidente del consejo, Tenshi (Ángel), un ser con poderes sobrenaturales que se encarga de mantener el orden en la escuela. Cualquiera que obedezca a Tenshi, se comporte como un estudiante normal o alcance a realizar en este mundo paralelo todos los deseos que no pudo cumplir mientras estaba con vida, desaparecerá y volverá a su ciclo de reencarnaciones, quedando así en la escuela sólo almas con conflictos internos que no pueden alcanzar “la luz”. El destino de los desaparecidos se muestra como fatal a los ojos de los miembros del SSS ya que Yuri sostiene que las almas reencarnan al desaparecer, pero al existir tan numerosa cantidad de especies es más probable que un alma reencarne como una pulga acuática o un alga de coral antes de volver a ser humano.
