El argumento está basado en los episodios del 1 al 6 de la serie original. Aunque algunas situaciones se muestran de diferente forma, tales como ángulos de cámara, historias alternativas, etc.
Shinji Ikari llega a Tokyo-3, buscado por su padre Gendo. A su llegada, se encuentra con ejército de la ONU tratando de detener al cuarto Angel (el tercero en la versión original), Sachiel. Rescatado por Misato Katsuragi, Shinji llega a los cuarteles generales de NERV junto con su padre Gendo (que es el Supremo Comandante de NERV) con la casi amenaza de que si no pilotaba el EVA-01 (EVA 初号機 EVA shogōki?) y luchaba contra Sachiel, la misteriosa Rei Ayanami, que se encontraba en malas condiciones, sería enviada a pelear; por lo que acepta. Después de la primera batalla, en la que salió victorioso, Misato lo lleva a su casa para que viva con ella, vaya a la escuela y trate de tener una vida normal.
despues llega desde el aire el angel Shamsel a tokio 3 y envian al eva 01 con Shinji a interceptarlo, shinji lo ataca con un rifle pero no causa efecto a causa del campo at del angel, cuando se acaba la municion del rifle el angel contraataca con unos latigos luminosos cortando un edificio en dos, el eva queda en el suelo mientras el angel avanza hacia el, ataca pero el eva lo esquiva, ataca otra vez y esta vez arroja hacia atras al eva y corta el cable de energia del mismo dejandolo con 5 minutos de energia, el angel sujeta al eva y lo lanza por los aires haciendo que caiga sobre una montaña casi sobre kensuke aida y toji zusuhara, shinji hace entrar a los dos al entry plug mientras el angel ataca de nuevo, el eva 01 sujeta los latigos del angel con las manos y lanza lejos al angel. Quedando solo con un minuto de energia, shinji se lanza de nuevo al ataque solo con el puñal progresivo, el angel contraataca y atraviesa los costados del eva, pero shinji vuelve a atacar, esta vez clavando el puñal progresivo en el nucleo del angel, y justo cuando se acaba la energia del eva, el nucleo del angel se rompe y shinji concluye exitosamente la mision.
